На страницу второго семестра

Поиск белка по его последовательности

На сервере NCBI -http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ - провела поиск своей последовательности программой BLASTP в банке swissprot. Полученный результат:
  1. Порядковый номер в выдаче 1.
  2. Score 304
  3. E-value 6e-83

Поиск белка по гомологу.

Повторила поиск с той же входной последовательностью, указав в качестве банка pdb. Полученный результат:
  1. PDB коды:
    1. 1DWK , идентификаторы цепей: A-J
    2. 1DW9, идентификаторы цепей: A-J
  2. Score = 295 bits (756),
  3. Expect value = 2e-81
  4. Начало выравнивания во входной последовательности(Query) - 2, конец выравнивания (Query) - 156.
  5. Начало выравнивания в находке (Subject) - 2, конец выравнивания в находке (Subject) - 156.

    Поиск белка по его гомологу

    Провела поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла cyns_pholl.fasta. В выдаче присутствует мой белок. Полученный результат:
    1. Номер выдачи 5.
    2. Score = 219 bits (559),
    3. Expect = 2e-57
    4. Идентичность = 111/156 (71%),
    5. Схожесть 132/156 (84%),
    6. Число Гэпов = 0/156 (0%)
    7. Начало выравнивания во входной последовательности(Query) - 1, конец выравнивания (Query) - 156.
    8. Начало выравнивания в находке (Subject) - 1, конец выравнивания в находке (Subject) - 156.
    Первая по счету находка тем самым белком, чья последовательность была подана на вход.

    Поиск белка по фрагментам его последовательности

    Провела поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла thirdprot.fasta. Полученный результат:
    1. Номер выдачи 2.
    2. Score = 59.7 bits (143),
    3. Expect = 2e-09
    4. Идентичность= 37/75 (49%),
    5. Схожесть = 37/75 (49%),
    6. Число гэпов = 38/75 (50%)
    7. Начало выравнивания во входной последовательности(Query) - 1, конец выравнивания (Query) - 79.
    8. Начало выравнивания в находке (Subject) - 20, конец выравнивания в находке (Subject) - 94.
      ©Babskaya Evgeniya, 2005